提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
2023年春节去哪里?“看展热”成为年俗新体验(2)******
12月6日,“郁郁乎文哉”西周晋国玉器精品展在良渚博物院开展,本次展览共展出来自山西省考古研究院、山西博物院、晋国博物馆的文物170余件(组),以玉器为主,辅以少量的青铜器和金器。两大主题单元“玉之美”,初探古玉之隽美;“礼之玉”,略窥玉礼之源流。礼在庙堂,亦在平常,春节,走进良渚博物院,在行礼奏乐中聆听玉磬,感受礼乐文化中的玉。
年画里的中国
地点:广东省博物馆
时间:2023年1月10日—2023年3月29日
朱仙镇木版年画、杨柳青木版年画、桃花坞木版年画、凤翔木版年画……年画作为中华民族农耕文化的产物,在民间沃土上繁衍流行了千余年,是中国社会变迁史的缩影,为我们展开了一幅幅民俗百态的画卷,以其独特的艺术魅力和丰富的民俗文化内涵,传递着浓烈的民俗和乡土韵味。
2023年1月,《秦琼敬德》《灶王对》《九九消寒图》《增福财神》等主题的300余件来自全国各地的特色年画藏品走出当地的博物馆、美术馆,云集广东省博物馆,观众可以通过观赏年画,参悟自然四时风物、洞悉天地智慧,感神话之奇、体历史之重、品戏曲之妙,在团圆的温情和迎新的慰藉中祈求新的一年如意顺遂,为新年讨个好彩头。
“影戏人间:陕西非遗皮影展”
地点:中国工艺美术馆中国非物质文化遗产馆
时间:2023年1月—2023年3月
"一口叙说千古事,双手对舞百万兵"。戏曲久经不衰,年俗看戏是人们民俗情趣的娱乐方式之一。皮影戏亦称"影戏",集美术造型、文学剧本、音乐唱腔、表演技艺于一体,经过长期发展,形成了较为完整的艺术体系、鲜明的民族特色和高度的美学成就,并与人们的生产生活、岁时节令、信仰习俗等方面密切相关,反映着中国人特有的审美观念、思想情感和精神追求。
此次展览包括“影迹循踪”“妆染簇镂”“腾挪吟唱”“文彩精华”“光影流传”五个单元,共展出陕西非遗皮影相关展品约200件。作为非物质文化遗产,影戏人间以其独特的内容语言、鲜明的表现形式展现传统文化与民俗发展之间的密切联系。在春节这一浓郁的传统民俗下,用一张皮影戏说年味儿里的生活百态。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)